Les consignes de départ, données aux préfet de départements, étaient de fermer une classe ou un établissement scolaire à partir de 3 cas dans la même semaine. Devant la difficulté de dépister le virus H1N1 chez tous les enfants, cette mesure commence à s'assouplir et la décision est laissée de plus en plus au préfet, selon son appréciation de la situation.


Les associations de parents d'élèves ont également fait remarquer que devant la diffusion massive du virus H1N1 en France, fermer les écoles devenait moins efficace. Les jeunes gens se retrouvent en effet exposés à la grippe A un peu partout (domicile, club de sport) et plus seulement au sein de la communauté scolaire.